先月、ある卸売業の社長からこんな相談を受けました。「税務調査の事前通知が来たんですが、インボイスって何か問題になりますか？」
その社長、実は取引先から受け取った請求書を「見た目でOKそうだから」という理由でそのまま処理していたんです。それが調査で指摘されたのですが、話を聞いて正直ヒヤっとしました。同じことをやっている会社、かなり多いからです。
インボイス制度が始まってから、税務調査の現場でインボイス絡みの指摘が急増しています。調査官は「ここを見ればミスが出る」というツボをしっかり把握していて、中小企業では同じパターンが繰り返されています。
今回は、実際に税務調査で指摘されやすいインボイスのミスを3つ、ランキング形式でお伝えします。自社に当てはまるものがないか、ぜひ確認してみてください。
第3位：取引先の登録番号を確認していない
仕入税額控除を受けるには、取引先が「適格請求書発行事業者」として国税庁に登録されていることが前提条件です。ところが、相手が登録しているかどうかを確認しないまま、もらった請求書をそのまま経費処理しているケースが非常に多い。
確認は簡単で、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」に登録番号（T＋13桁）を入力するだけです。10秒もあれば終わります。
問題は、長年取引している仕入先でも、インボイス制度への登録は任意であることです。「昔から付き合いのある業者だから大丈夫」というのは通用しません。万一未登録だった場合、支払った消費税の控除が全額認められなくなります。
第2位：受け取った請求書に記載事項が足りない
適格請求書には、法律で定められた記載事項があります。なかでも特に見落とされやすい3点がこれです。
- 適格請求書発行事業者の登録番号（T＋13桁）
- 適用税率（10%・8%の区分）
- 消費税額（税率ごとに分けて記載）
この3点のうち1つでも欠けていると、その請求書は適格請求書として認められません。控除が全額否認されるリスクがあります。
特に多いのが「登録番号は書いてあるけど、消費税額が税率ごとに分かれていない」というケース。「消費税 ○○円」と一括で書いてあっても、10%分と8%分の内訳が明記されていなければNGです。古い請求書フォーマットをそのまま使い続けている取引先からの書類は、とくに要注意です。
受け取った瞬間に「登録番号・適用税率・消費税額」の3点を確認する習慣をつけるだけで、このリスクはほぼゼロにできます。
第1位：インボイスを保存しないまま仕入税額控除を申告している
これが最も多く、最も深刻なミスです。
帳簿に「○○商事への支払い 110,000円（うち消費税10,000円）」と記載してあっても、帳簿だけでは控除できません。帳簿と適格請求書の両方を保存して、はじめて仕入税額控除が認められます。
「PDFで届いたけど保存先が分からなくなった」「紙でもらったけど処分してしまった」という話が、実際の税務調査で次々と出てきています。
この指摘を受けると、控除の全額否認に加えて、過少申告加算税として10〜15%の追加課税が発生します。年間の仕入税額控除が500万円の会社なら、否認額次第で50万〜75万円が余計に出ていく計算です。保存期間は原則7年間。電子データで受け取ったものは、電子帳簿保存法のルールに従った形での保管が必要です。
今日からできる3つの確認
ミスを防ぐために、まず以下の3点から手をつけてみてください。
- 登録番号の確認を定期化する（半年に1回、主要取引先を国税庁サイトで確認）
- 受け取り時に請求書をその場でチェックする（登録番号・税率・消費税額の3点確認をルール化）
- インボイスの保存場所を社内で明文化する（電子はフォルダ名・保存先、紙はファイリングルールを決める）
インボイス制度は2023年に始まったばかりで、税務調査官も「移行期だからミスが多い」と分かっています。それだけに、今のうちに社内ルールを整えておくことが、将来の調査リスクを大きく下げる最善策になります。
顧問税理士に「うちのインボイス管理、穴がありませんか？」と一度確認してみてください。その30分の会話が、数百万円単位の節税と安心につながることがあります。
※本記事は一般的な情報提供を目的としています。具体的な税務判断は税理士にご相談ください。